De Noorderkerk is een typisch protestantse kerk, sober, weinig uitspringende versieringen, geen praalgraven, een bijna saaie volkskerk. Toch is het niet de eerste die in Amsterdam voor de protestantse eredienst werd gebouwd. Dat is de Zuiderkerk uit 1611. Maar de Noorderkerk is zo bijzonder omdat het de eerste is die volgens een geheel nieuw grondplan werd gebouwd namelijk van het Griekse of Andreaskruis, met vier gelijke armen. Daarin weerspiegelt zich de verandering die opgetreden was in visie op kerk, geloof en liturgie. Niet meer de priester die op grote afstand liturgische handelingen verricht maar de verkondiging van het Woord Gods komt centraal te staan; zeer reformatorisch dus. In de Noorderkerk is dat duidelijk zichtbaar: de kansel is geplaatst tegen een van de vier dragende pilaren en de gemeente zit daar in een halve cirkel omheen. Het evangelie is van alle kanten hoorbaar en zichtbaar.
Toch is er in de inrichting van het interieur in de afgelopen eeuwen zoveel veranderd dat de vraag gerechtvaardigd is wat er dan nog 17e eeuws is aan de kerk. Deze vraag rees tijdens het restauratieproces regelmatig omdat er soms cruciale beslissingen genomen moesten worden, met name waar het betrof het al of niet bepleisteren van de binnenmuren, het al of niet schilderen van het eiken tongewelf, en de verlichting. En eigenlijk speelde dit op de achtergrond ook mee in de discussie over naar welke fase het orgel terug gerestaureerd zou moeten worden. Echt 17e eeuws is alleen de bepleistering van de muren, de marmeren sokkel van de preekstoel en het donkere eikenhout dat in een aantal banken verwerkt is. De eerlijkheid gebied te erkennen dat inrichting en opstelling hoofdzakelijk 19e eeuws zijn. Mede op grond hiervan besloot architect Walter Kramer om het tongewelf toch te beschilderen en niet het eikenhout weer zichtbaar te maken. De openingen in het gewelf, aangebracht vanwege de lijkenlucht en de stoven- en kaarsenwalmen. zijn daarbij gehandhaafd.
Op de Kaarte vande Sitplaat-sen inde Noorderkerk van Pieter van den Berge uit ca. 1725 is te zien dat er toen veel meer stoelen waren en minder banken. Ook zijn armenbanken aanwezig en banken voor notabelen. Opvallend is ook het rechte doophek en de dooptuin. Deze gravure hangt onder het orgel.
De grootste verandering onderging de Noorderkerk halverwege de 19e eeuw. In 1844 werd P.J. Hamer, opzichter hervormde kerkgebouwen gevraagd een nieuw herstel- en inrichtingsplan te maken. De door hem gesigneerde Platte-grond van de Noorder-kerk met aanwijzing der zitplaatsen, 1844 hangt tegen de zuidwestelijke muur van de kerk. Opmerkelijk is het ronde doophek. Na de heropening in 1941 moet het verwijderd zijn maar op een foto van Monumentenzorg van ca. 1958/60 staat het nog. Toen is ook het tot dan gehandhaafde bankenplan van Hamer wat ‘ingekrompen’, mede ingegeven door afnemend kerkbezoek.
Het orgel is op de kaart van Hamer nog niet te zien. Dat werd pas in 1849 gemaakt door Hermanus Knipscheer II (1802-1874). De orgelkas werd ontworpen en gebouwd door timmerman G. Nijhoff. Uniek is dat dit orgel gebouwd is om de pilaar heen diagonaal tegenover de kansel. Daarmee is de symmetrie en transparantie in het gebouw prachtig behouden. Tegen de noordoostelijke muur hangt de door Hamer getekende
Afteekening van het orgel in de Noorderkerk. Het orgel heeft na de oplevering verschillende aanpassingen en restauraties ondergaan: Flaes (1877), Steenkuyl (1906). De laatste restauratie heeft plaatsgevonden inclusief alle voorbereidende besprekingen van 1998 tot 2005. Op 16 september 2005 vond de officiële heringebruikname plaats. (Voor gedetailleerde informatie
klik hier).
De vloer van de Noorderkerk is tot op de huidige dag een compleet gaaf grafzerkenveld. Onder iedere zerk liggen soms meer dan 5 mensen begraven. De verzakkingen maakten regelmatige ophoging noodzakelijk. Ook het geregeld verplaatsen van de banken was een probleem. Er zijn overigens weinig bijzondere zerken te vinden. Uit alles blijkt dat de Noorder een eenvoudige volkskerk was waar geen belangrijke mensen begraven liggen. De bekendste zijn de beide zoons van Hendrik de Keijser, Pieter en Hendrik jr. en de medicus en historicus Olfert Dapper. Nadat eind 17e eeuw het begraven op het Noorderkerckhof was verboden en het kerkhof geruimd werd,is het begraven binnen de kerk nog geruime tijd doorgegaan. Na 1827 echter alleen nog op grond van verkregen rechten in reeds gekochte graven. Na 1 januari 1866 werd ook dat verboden. De nummering van de zerken is op vele plaatsen onderbroken. Een van de redenen is dat bij de afbraak van de Eilandskerk in 1950 een aantal gave zerken gebruikt is om kapotte zerken te vervangen. Bij de restauratie is de grafzerkenvloer alleen geëgaliseerd. Er is dus niet geruimd voor de aanleg van een vloerverwarming onder de zerken.
De verwarming van zo’n grote ruimte is altijd al een groot probleem geweest. Vroeger werden stoven met gloeiende kooltjes gebruikt. Bij de restauratie is dat als volgt opgelost. Onder de grote ramen zijn grote convectoren in de gevelbanken ingebouwd; in de banken liggen buizen onder de voetenplanken en in het middenvak liggen buizen op de grafzerken afgedekt met een nieuwe eikenhouten vloer.
Van het interieur moeten de volgende opvallende elementen nog genoemd worden:

* Oorspronkelijk hebben voor de verlichting koperen kaarsenkronen gediend. Wanneer die uit de kerk zijn verdwenen is onbekend. Maar in 1827 ging men over op olielampen. De huidige gaskronen stammen uit 1849 en ademen een Jugendstil-vormgeving. Via een gaspijp werd het gas in de grote cirkel gevoerd en elke gaskous d.m.v. een kraantje aangestoken. Tussen deze gaskousjes stonden ook nog een aantal kaarsen. Na de heropening in 1941 werden deze gaslampen vervangen door elektrische verlichting. Maar de gaskraantjes zitten er nog.

* De preekstoel dateert van ca 1845 en is ontworpen en gebouwd op de 17
e-eeuwse sokkel door Hamer en Nijhoff.
* Boven de zuidwest ingang zijn bevestigd een Tien Geboden bord met de twee tafels van Mozes, het Onze Vader en de Twaalf Artikelen van het Geloof.
* Boven de noordoost ingang een cartouche ter herinnering aan de eerste dienst op eerste paasdag 1623.
* De koperen lessenaar is afkomstig van het oude doophek waarop hij als lezenaar diende voor de voorzanger of voorlezer. De ter weerszijde van de kansel tegen de achtermuur aangebrachte koperen bogen waren de toegangsbogen tot de dooptuin.
* Het geschilderde paneel tegen de noordwestelijke muur komt uit de kosterij van de in 1950 afgebroken Eilandskerk. Het schilderij tegen de zuidwestelijke muur is van Bernard de Hoog (1867-1943) heeft in de volksmond de titel gekregen ‘Ouderlingen in de Nieuwe Kerk luisterend naar een preek van Hoedemaker’. Het is zeer wel mogelijk dat deze titel uit de lucht gegrepen is. Het schilderij is vóór de aanvang van de restauratie van de Nieuwe Kerk uit deze kerk naar de Noorder overgebracht en is in 1998 gerestaureerd.
* De linnenpers is aangekocht in 1667 en was bedoeld voor glad persen van het linnen Avondmaalslaken.
* Een bijzondere ruimte is de Kerkmeesterskamer, nu functionerend als consistoriekamer. Boven de schouw is een aantal familiewapens bevestigd van notabele kerkmeesters. Verder hangt er een Kerkmeesterwapenbord uit 1792.
* De vitrines in de oostbeuk zijn jarenlang gebruikt om de vondsten te tonen die de Archeologische Dienst gedaan heeft in de binnenstad van Amsterdam in verschillende perioden. De verzameling werd regelmatig gewisseld. Na het vertrek van de dienst naar het nieuwe gebouw van het Gemeentearchief van Amsterdam aan de Vijzelgracht bevatten ze stukken die met de geschiedenis van de Noorderkerk verband houden.